Можно ли оформить дом, который фактически стоит на двух участках (оба мои)?

Чтобы единый дом стоял официально на цельном земельном участке, лучше объединить оба смежных участка в один (сделать межевание, получить в ЦОНе единый акт). После этого регистрируете дом как единый объект на новом объединённом участке. Если оставите два отдельных участка, при техническом паспорте покажут, что здание пересекает границу, что затруднит дальнейшие сделки. Лучше сначала обратиться к землеустроителям: они объединят, а акимат это согласует. Далее вносите изменения в реестр: у вас будет один участок. После чего в БТИ заказываете техпаспорт дома, уже не будет путаницы с границей.