Как закрепить в договоре, что арендатор сам оформляет лицензию на торговлю?

Конечно. В договоре аренды включите раздел «Оформление разрешительной документации», где прямо скажите, что арендатор самостоятельно и за свой счет получает все необходимые лицензии, разрешения, согласования для своей деятельности (торговли алкоголем, табачной продукцией и т.д.). Отразите, что арендодатель не несет ответственности за отсутствие или несвоевременность таких документов. При этом проверьте, нет ли местных норм, возлагающих часть ответственности на собственника помещения. Но в большинстве случаев закон разрешает предусмотреть, что вся ответственность за нужные лицензии лежит на арендаторе.