Можно ли прописать в договоре аренды складских помещений «плату за воздух» при недоборе минимального объема хранения?

Можно. Составьте договор, укажите «Минимальное оплачиваемое пространство или минимальный объём хранения». Например, «не менее 50 м² или 10 тонн». Если арендатор фактически использует меньше, он всё равно платит за этот минимум. Пропишите формулу расчёта: «Если фактический объём меньше оговорённого минимума, оплата производится исходя из минимума. При превышении оплачивается фактический объём по ставке за дополнительное место». Это «плата за резервирование площади или объёма», вполне легитимно при согласии сторон. Просто важно, чтобы клиент понимал условие и добровольно подписал. Обычно это стимулирует его эффективно использовать склад.