Как оформить наследство на квартиру и не потерять право на коммерческие помещения в ней (например, встроенный магазин)?

Если магазин является перепланировкой квартиры и не зарегистрирован отдельно, то это единый объект недвижимости, входящий в наследство. При оформлении наследования у нотариуса укажите, что фактически используется частично под коммерческую деятельность. Потом, уже как собственник, вы сможете при необходимости выделить помещение отдельно, оформить как нежилое. Но на момент наследования нотариусу важно, чтобы это всё было одним объектом. Соберите техпаспорта, справки из архитектуры. Если перепланировка не узаконена, возможно, придётся довести до ума регистрацию уже после вступления в наследство.