Как рассчитывается штраф, если поставщик сорвал отдельный этап поставки, но остальные этапы выполнены?

Зависит от условий контракта: если там чётко прописано, что просрочка в выполнении конкретного этапа влечёт штраф именно за неисполнение в этом объёме, штраф обычно начисляется пропорционально стоимости просроченного этапа. Если же договор формулирует, что при нарушении сроков поставки — общая штрафная санкция от всей суммы, тогда могут штрафовать целиком. Но в большинстве правильных контрактов штраф рассчитывается от части обязательств, которую вы не выполнили вовремя, иначе это несправедливо к исполнению других этапов. Читайте раздел «Ответственность сторон» в вашем договоре, там обычно указывают базу расчёта пени (процент в день от цены невыполненной части поставки). Если заказчик пытается выставить штраф от всей суммы, оспаривайте в претензионном порядке, ссылаясь на принципы соразмерности.