Можно ли договориться с другим наследником о компенсации после выдачи свидетельств, а не оформлять соглашение до этого?

Без официального соглашения (до или во время оформления у нотариуса) есть риск, что после получения свидетельств сестра может отказаться от компенсации. И тогда в силу правовых документов она единоличный владелец. Лучше оформить «соглашение о разделе наследственного имущества» нотариально, где прописано, что сестра принимает квартиру, обязуется выплатить вам денежную сумму. Затем нотариус выдаёт ей свидетельство. Это защищает вас. Если сестра не исполнит, вы сможете взыскать через суд. Вариант «сначала она оформляет, потом обещает выплату» крайне небезопасен.