Можно ли в договоре займа указать, что при частичном погашении проценты начисляются лишь на остаток?

Да, вы можете прописать «проценты начисляются по ставке …% годовых на фактический остаток основного долга, уменьшенный после каждого частичного платежа». Это справедливая схема, отражающая реальную задолженность. Добавьте пункт о порядке расчёта: «После внесения частичного погашения процентная база уменьшается пропорционально выплаченной сумме основного долга с даты внесения платежа». Таким образом, заемщику выгоднее вносить почаще, чтобы снижать процентообразующую базу. Суд, если дойдёт до спора, примет во внимание это условие как честный расчёт процентов. На будущее обязательно сохраняйте подробную платёжную ведомость, чтобы фиксировать текущее тело долга и сумму процентов.