Можно ли оформить один договор на разработку нескольких программ для разных отделов?

Да, вы можете заключить один договор подряда (или возмездного оказания услуг по разработке ПО) с общими положениями и тремя приложениями, где описаны конкретные модули или программы (бухгалтерская, складская, CRM). Каждое приложение содержит техническое задание, сроки реализации и стоимость. В основном тексте пропишите общие условия: порядок расчётов, ответственность, передача кода. Затем в приложениях — детальные требования к функционалу, интерфейсу, интеграциям. Это удобно, потому что всё регулируется одним документом. При этом если сроки по одному модулю задерживаются, вы можете применять санкции по соответствующему приложению, не затрагивая остальные.