Некоммерческой организации пришёл запрос по проверке подрядчика

Разделяйте два предмета. По операциям с проверяемым подрядчиком представить документы вы обязаны: договор, смету, акты выполненных работ, счета-фактуры, платёжные документы, переписку о согласовании объёмов. Это и есть содержание встречной проверки. Что касается источников финансирования и грантовой отчётности, то они относятся к вашей собственной налоговой дисциплине, а не к взаимоотношениям с подрядчиком, поэтому в ответе уместно попросить уточнить основание такого запроса. Вместе с тем для некоммерческой организации это повод самостоятельно проверить уязвимое место: освобождение от налогообложения по Налоговому кодексу РК действует при условии соблюдения требований, предъявляемых к некоммерческим организациям, включая ведение раздельного учёта доходов и расходов по уставной деятельности и по деятельности, доходы от которой облагаются в общем порядке. Если ремонт оплачивался за счёт гранта, должно быть документально подтверждено целевое использование средств в соответствии с грантовым соглашением. Приведите в порядок раздельный учёт, решения уполномоченного органа фонда и отчёты донору. Ответ направляйте письменно с описью в срок, указанный в требовании. При получении уведомления действует стандартный порядок: жалоба в Министерство финансов в течение тридцати рабочих дней либо оспаривание в административном суде по АППК РК.